Kontraindikace lipomodelace prsu nejsou časté. Patří mezi ně přítomnost aktivního onkologického onemocnění, přítomnost jiného vážného systémového onemocnění a akutně probíhající infekční onemocnění.

Metoda není vhodná pro hubené pacientky, které nemají dostetek tukové tkáně v místě odběru. V rámci předoperační rozvahy by měl chirurg co nejpřesněji odhadnout, jaký objem tukové tkáně je třeba odebrat. Zkušený plastický chirurg dokáže na základě tělesné konstituce pacientky předem odhadnout objem tuku, který lze odebrat, a určit, zda bude dostatečný pro dosažení očekávaného výsledku. Z tohoto důvodu je vhodné operaci konzultovat u plastického chirurga, který je v dané oblasti náležitě vyškolen.

Kontraindikací jsou i případy, kdy nemají pacientky před operací stabilní hmotnost. Ztráta hmotnosti po operaci znamená i ztrátu objemu operovaného prsu. Operaci je možné nabídnout s odstupem po dlouhodobějším ustálení hmotnosti.

Tuk by neměl být přenášen do oblastí, kde je na ultrazvuku prokázána větší tuková nekróza. Menší tukové nekrózy se mohou spontánně vstřebávat, vstřebávání můžeme urychlit masírováním. Větší tukové nekrózy lze před operací vyřešit odsátím (tzv. punkcí) nebo fragmentací pomocí menší liposukce v lokální anestézii. Následně je možné transfer vlastí tukové tkáně provést.

Operaci nelze provést u pacientek, kterým byla v rámci předoperačního vyšetření na ultrazvuku nebo na mamografu nalezeno podezřelé ložisko (nález BI-RADS 3 a vyšší dle ACR), ale i u pacientek, které tato vyšetření odmítají.

Lipomodelace prsu z estetických důvodů by měla být kontraindikována u pacientek s potvrzenou mutací v genech BRCA 1,2 To stejné platí i pro pacientky, které splňují kritéria pro genetické testování této mutace, ale ještě nebyly testované. Mezi tyto pacientky patří 1) nemocné osoby bez pozitivní rodinné anamnézy (pacientky s diagnostikovaným karcinomem prsu nebo ovaria do 40 let, pacientky s duplicitou karcinomu prsu a ovaria v jakémkoliv věku, pacientky s bilaterálním karcinomem prsu, 2) nemocné osoby s pozitivní rodinnou anamnézou (dvě příbuzné prvního nebo paternálně druhého stupně s karcinomem prsu nebo ovaria, kdy alespoň jedna je diagnostikována ve věku pod 50 let, anebo tři a více karcinomů prsu nebo ovaria v jedné linii bez věkové limitace) a nakonec 3) zdravé pacientky, jejichž rodinní příslušníci měli geneticky potvrzenou mutaci v genech BRCA, a nebyly přitom geneticky vyšetřeny. Rekonstrukce prsu lipomodelací po mastektomii, kdy je rizikový parenchym prsu odstraněn, není u těchto rizikových pacientek kontraindikována.